Les vicissitudes de l'AbbayeLes malheurs de la Guerre de Trente Ans, une Abbaye dévastée par un troisième incendieLa Guerre de Trente Ans, qui oppose les princes allemands protestants à l'autorité impériale, catholique, des Habsbourg, ravage de 1618 à 1648 une partie de l'Europe. L'Alsace, terre des Habsbourg souffre cruellement de ce conflit, lorsque les Suédois, alliés des protestants et soutenus par la France, inquiète de la puissance des Habsbourg, mettent à feu et à sang la plaine d'Alsace.
Les Chanoinesses abandonnent Ottmarsheim pour se réfugier à Bâle, pendant que les bâtiments de l'Abbaye sont pillés et connaissent le troisième incendie de leur histoire. L'Abbatiale est ruinée, la coupole risque de s'effondrer.
Louis XIV pour aider les Chanoinesses, de retour dans leur couvent, à reconstruire les bâtiments conventuels et l'église, leur fait don de quatre villages de la Hardt et des ressources qu'elles peuvent en tirer. Dans le manuscrit ci-contre on lit en tête „Louis par la grâce de Dieu, Roy de France et de Navarre“ au bas du manuscrit sa signature Louis.
Par le traité de Westphalie, signé en 1648, l'Alsace est rattachée progressivement au royaume de France et ainsi est marquée la fin de l'emprise des Habsbourg sur l'Alsace méridionale, et donc sur l'Abbaye d'Ottmarsheim.